Το 1878 ο Ηρακλειώτης Μίνως Καλοκαιρινός ξεκίνησε ανασκαφή στον λόφο Κεφάλα, περίπου 5 χιλιόμετρα νότια του Ηρακλείου. Απεκαλύφθησαν 4 δωμάτια και ανασύρθηκαν από τα ερείπια πολλοί πήλινοι πίθοι. Αργότερα ο  Άγγλος Sir Arthur Evans αγόρασε τον λόφο Κεφάλα από τον Τούρκο ιδιοκτήτη (η Κρήτη ευρίσκετο ακόμη υπό Τουρκική κατοχή), και το 1900 ξεκίνησε ανασκαφές με ένα μεγάλο επιτελείο συνεργατών. Οι ανασκαφές έφεραν στο φως το ανάκτορο της Κνωσού, το ανάκτορο των Μινώων. Το ανάκτορο της Κνωσού χρονολογείται στην προελληνική εποχή. Ίσως ο πρώτος προέλληνας οικιστής της θέσης αυτής ονομάζετο ''Κνός'' (ανδρικό προελληνικό όνομα), και εξαιτίας του η πόλις ονομάσθηκε Κνωσός. Η λέξη Κνωσός ίσως σήμαινε “η πόλη του Κνός”. Το ανασκαφέν ανάκτορο της Κνωσού καταλαμβάνει έκταση 22.000 μ2 και χρονολογείται στην Νεοανακτορική περίοδο της Μινωικής εποχής, 1700-1450 π.Χ. Είναι η περίοδος της μεγάλης ακμής και της λαμπρότερης φάσης της μινωικής εποχής. Η πόλη της Κνωσού είχε αναπτυχθεί γύρω από το Ανάκτορο.

Το ανάκτορο και η πόλη της Κνωσού κατεστράφησαν το 1450 π.Χ. αλλά οι Μινωίτες δεν αφανίσθηκαν. Ο Μινωικός πολιτισμός δεν χάθηκε. Υπάρχουν πολλά αρχαιολογικά ευρήματα, κύπελλα, δακτυλίδια, σαρκοφάγοι, τοιχογραφίες, κ.α., από τις ανασκαφές των Μυκηναϊκών πόλεων και νεκροταφείων της Πελοποννήσου, των οποίων οι διακοσμητικές παραστάσεις φαίνεται να έχουν γίνει από Μινωίτες τεχνίτες. Μετά την καταστροφή του 1450 π.Χ., το κέντρο του πολιτισμού μεταφέρθηκε από την Κνωσό, στις Μυκήνες  της Πελοποννήσου.