En 1878, Minos Kalokerinos d’Héraklion a commencé ses fouilles sur la colline de Kefala, à environ 5 kilomètres au sud d'Héraklion. Quatre salles ont été excavées et beaucoup de jarres d'argile ont été retrouvées dans les ruines. Plus tard, l'Anglais Sir Arthur Evans a acheté la colline Kefala du propriétaire turc (la Crète était sous l’occupation turque) et en 1900 il a commencé des fouilles avec une équipe de collaborateurs. Les fouilles ont mis au jour le palais de Knossos, le palais Minoen.  Le palais de Knossos remonte à l'époque préhellénique. Peut-être le premier pré-fondateur de cet endroit s'appelait Knos (nom préhellénique masculin), et à cause de cela la ville a été nommée Knossos. Le mot Knossos aurait pu signifier «la ville de Knos». Le palais de Knossos occupe une superficie de 22 000m2 et remonte à la période néopalatial de la période minoenne, 1700-1450 avant JC. C'est la période de grande prospérité et la phase la plus brillante de la période minoenne. La ville de Knossos s'était développée autour du palais.

Le palais et la ville de Knossos ont été détruits en 1450 avant JC. mais les Minoens n'ont pas disparu. La civilisation minoenne n’a pas été perdue. Il y a beaucoup de découvertes archéologiques, de coupes, d'anneaux, de sarcophages, de fresques, etc. provenant des fouilles des cités et des cimetières mycéniens du Péloponnèse, dont les représentations décoratives semblent avoir été faites par des artisans minoens. Après la destruction de 1450 avant JC, le centre de la civilisation a été transféré de Knossos à l’ancienne ville Mycènes de Péloponnèse.